雄性生殖孔系输精管通向体外的开口，不同种的蚯蚓，其雄孔的位置和数量也不同。雌性生殖孔系输卵管通向体外的开口，因种类不同，其数量和位置也不同。受精囊孔系受精囊的开口，当蚯蚓交配时，对方的精液由此孔流人受精囊内贮存。受精囊孔的位置和数量也是鉴别种类的特征之一。有少数种类，如双胸蚓属的种类，无此受精囊孔。
蚯蚓的体壁是由角质层、表皮层、层神经组织、肌肉层和腹膜壁层构成，其表面具有刚毛器官。
表皮的最外层为角质层，之下由基底细胞、支持细胞、粘液细胞、蛋白腺细胞、感觉细胞等表皮细胞组成。
角质层很薄，为非细胞层，无色而透明，包括两层或多层，每一层都由交织的胶原纤维组成，在其下面具有数层均匀的非纤维层。角质层有许多小孔穿透。表皮是由不同种类的单层细胞所组成。这些细胞分泌物质形成角质层。腺体细胞的两手形式是粘液细胞或杯形细胞和白蛋白细胞，泌粘液于角质层表面层防止干燥，便于蚯蚓在土攘中运动。
肌肉层包括外围的环肌肉层、内侧较厚的纵肌层以及收缩性能比环肌更强的斜纹肌。它们交织有序地分布在疏松的结缔组织里。蚯蚓就是依靠这些肌肉的协同伸缩，使体壁运动以及消化道、心脏等内部器官蠕动。腹膜壁层系体壁纵肌层内侧的一薄层细胞、体壁肌肉和腹膜壁层一起构成。脏壁肌肉和腹膜脏层一起组成了脏壁层。体壁层和脏壁层所围成的空腔即真体腔。腔内充满体液，有着各种内部器官。蚯蚓的体腔被隔膜分隔成若干小室，隔膜上有由括约肌控制的小孔，体腔液可通过这些小孔，运送到相邻的体节中。折闯的肌肉、体腔和体腔液构成一个完整的系统，对于蚯蚓的运动、掘穴、取食、繁殖、避敌等有着重要的作用。
蚯蚓的体腔液一般为乳白色具粘性的液体，其中含有大量的水分和悬系着的各种细胞和颗粒。如形状不定的阿米巴细胞，即吞噬细胞，具有吞噬作用；富有液泡，圆盘形的淋巴细胞；能分泌粘液的粘液细胞以及黄色细胞等等。体腔液中还含有上述细胞的代谢产物和碳酸钙结构，还含有某些酶类、激素等，有时还有寄生的原生动物 ― 丝虫和细菌等。有些种类的蚯蚓，其体腔液还具有特殊气味，如赤子爱胜蚓具有大蒜气味。