林蛙的内分泌系统主要有甲状腺、胸腺、肾上腺、垂体、松果体和性腺等。其分泌物为激素，是林蛙生长、发育和生殖不可缺少的物质。
甲状腺位于舌器两旁，界于舌骨后角与后突之间的一对椭圈形腺体，彼此完全分开。内部由许多圆形胞囊构成，依靠结缔组织交合在一起，其间血管丰富。
胸腺位于鼓膜后方，下颌降肌之下，是一对细小的卵圆形器官。色微红。腺体外形随年龄增加而缩小，胸腺呈淋巴腺状的构造，外表围有一层结缔组织构成的包囊。其结缔组织又向腺体内部伸入，形成许多间隔，称胸腺梁，把整个腺体分隔成许多小叶，呈疏网状。网孔里散布着许多淋巴细胞和胸腺小体。
肾上腺呈带状嵌藏在肾脏的腹面，色橘黄或棕黄。由许多实心且成小堆的细胞群所组成，并只在近肾静脉分支的部位。肾上腺髓质细胞则散杂在皮质细胞之间，无规则，整个肾上腺的外表覆盖着一层有结缔组织构成的包囊。肾上腺分泌的激素为臂上膝素，负责升高血压几改变体表颜色的作用。
垂体位于间脑第三脑室的腹侧、灰结节的下面，分为前叶、中叶及后叶三部分。前叶分泌生长激素、促性腺素、促甲状腺素、促肾上腺素等；中叶分泌促黑激素，能够使皮肤黑色素细粗中色素粒扩散，体色变黑；后叶有调节身体水分平衡的作用。
特种养殖网 松果体位子间脑的背面，具有光接受器的功能，能分泌褪黑激素。若将拼鲜放在黑暗的环境中，由于褪黑激素的作用，颜色会很快地变浅。
林蛙的性腺是由体腔背侧上皮形成的，与肾上腺皮层组织同源。原始的性腺组织是由皮层和髓质所组成。后者分化为睾丸，前者分化为卵巢。能够产生卵和精子，以及几种与生殖细胞和受精卵的发育有关的激素。性腺之中产生类固醇的细胞，细胞内含有大的内质网和带管状小脊的线粒体，通常脂类组织的化学性质类似于胆固醉，有－羟基类固醇脱氢酶的存在，它就是类圈醉生成细胞。因为此酶可把某种类固醇激素的前体变为孕酮和雄烯二酮，而后再转化为其他激素。性腺激素能促进副性器官（如输卵管、输精管等）的发育和第二性征（如雄性的婚垫、声囊、胸刺、臂腺、雄性线等）的出现。而影响第二性征的激寒是管间组织中的间质细胞分泌而来的。
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