选购或留用的鳝种苗，由于捕捞、暂养及运输中受伤或受病害感染，难免有质量不好的，在以后的饲养中会不断发病死亡，而且还会感染其他鳝种，因此一定要在饲养前淘汰。通过以下的方法可淘汰劣质鳝种。
感官筛选法：是在实践中不断总结经验，凭自己的感觉和经验进行筛选。鳝苗种健康活泼欢跃，用手捉住时鳝苗种能抬头且挣扎有力，鳝肌肉紧绷。若身体、尾部扭曲，发红斑，肛门红肿，以及用手捉鳝时鳝体软绵无力为劣质鳝种。
水流筛选法：鳝鱼喜欢逆水行动，用适当的力将鳝池内的水按一定方向搅动，鳝鱼朝相反的方向游行（顶水行动），活动自如，那是正常鳝；若是跟着水流走、无力游动的为质量不好的鳝种苗。
拍打筛选法：根据野生鳝平时惊动少的特性来筛选。筛选时用浅盆盛装鳝鱼，然后轻拍盆沿，质量好的鳝种会往外跳，跳不动或不跳者是劣质鳝种，但是受伤和患寄生虫病的鳝种也往外跳，所以要仔细鉴别筛选。
行为筛选法：根据鳝鱼的群聚性来筛选。在无土的水体中，鳝鱼成群地往四角钻顶的为质量好的鳝种，单独游走活动无力的为劣质鳝种。
入穴筛选法：根据鳝鱼喜居洞穴的特性来筛选。将鳝种放入有土或者是有水草的水体，在 小时左右钻入洞穴或水草的鳝种为好鳝种，不钻洞或不钻草，或是钻头不钻尾，再或是钻进一会又出来的，大都是不好的鳝种；也有一部分质量不好的鳝种能钻洞或钻草。
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摄食筛选法：根据鳝种的摄食正常与否来筛选。鳝种一般在经过捕捞、运输等以后，头几天不摄食，在开口摄食后，投喂 ％的配合饲料或 ％黄粉虫或 ％蚯蚓或 8 ％绞碎的鲜鱼肉，在水温 0 一 8 ℃ 之间时，若能在 小时之内吃完一半以上饲料，可视为质量好的鳝种。
盐水或药物浸泡筛选法：食盐水对鳝鱼刺激性很大，筛选时一定要掌握好有效浓度，浓度大了或消毒时间过长都可致死鳝种。盐水浸泡鳝种，可起消毒作用，也可加速劣质鳝种的死亡。一般浸泡浓度是：小鳝苗为 l % ；鳝种为 % ；大一点鳝种为 ％。浸泡时间 一 0 分钟。在浸泡过程中，质量好的鳝种开始紧张不安，稍后渐安静，或有规律地运动；质量不好的鳝种，因盐水刺激伤口等，会狂跳乱游，尾巴扭曲，一直都不会安静。最后放入养殖水体，质量好的鳝种可钻洞或钻草人入穴。质量不好的则在水面上漂游。
用其他的消毒药物浸泡鳝种，方法及情况与上述的一样。
我们一般先用感官筛选，再用盐水浸泡结合流水筛选法，消毒结合筛选一次完成，既省工省力，又减少对黄鳝的操作伤害。总之，在选购及筛选黄鳝种苗的每个环节上都要多留心，多了解。只有选好鳝种苗，才能进行正常养殖，选好种苗是养殖的基础。
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